Là con của một vị thẩm phán, Christian Gottfried Ehrenberg sinh tại Delitzsch, gần Leipzig. Đầu tiên ông theo học môn thần học tại Đại học Leipzig, sau đó là y học và các môn khoa học tự nhiên tại Berlin và kết bạn vời nhà thám hiểm Alexander von Humboldt. Năm 1818, ông hoàn thành luận văn Tiến sĩ về đề tài nấm, Sylvae mycologicae Berolinenses.

Năm 1820–1825, trong một chuyến thám hiểm khoa học ở Trung Đông cùng với người bạn Wilhelm Hemprich, ông đã thu thập hàng ngàn mẫu vật về thực vật và động vật. Ông cũng đi tìm nhiều nhiều nơi ở Ai Cập, sa mạc Liby, thung lũng sông Nile và những bãi biển phía bắc thuộc biển Đỏ, tại đây ông đã làm một cuộc nghiên cứu đặc biệt về san hô. Tiếp theo ông tới Syria, Ả rập và Abyssinia nghiên cứu. Một số kết quả của chuyến khảo cứu và những bộ sưu tập quan trọng được báo cáo bởi Humboldt vào năm 1826.

Sau khi ông trở về, Ehrenberg đã xuất bản vài tác phẩm về côn trùng, san hô và hai tập của bộ Symbolae physicae (1828–1834), trong đó nhiều giống loài hữu nhũ, chim, côn trùng, vân vân., được công bố. Những quan sát ghi lại trong chuyến đi cũng đóng góp không ít cho cộng đồng khoa học.